Coinfección con las subvariantes BA.1 y BA.2 del omicron SARS-CoV-2 en una mujer no vacunada.

Aquí, reportamos una mujer de 63 años no vacunada con síntomas respiratorios leves, a quien se le realizó un hisopado nasofaríngeo el 31 de enero de 2022. La muestra registró positivo para Ellas sonY RdRp o genes que utilizan el ensayo Allplex SARS-CoV-2 (Arrow and Seegene, Seúl, Corea del Sur; Apéndice página 3). Este caso se encontró por casualidad, ya que fue seleccionado al azar junto con otras 68 infecciones agudas para un estudio molecular solicitado por Instituto Superior de Sanidad. Todos los aislamientos se examinaron inicialmente mediante PCR para detectar firmas mutacionales de las principales variantes circulantes y se descubrió que pertenecían a la variante omicron (Apéndice página 2). Luego, se seleccionaron aleatoriamente 54 muestras, 24 de las cuales fueron secuenciadas para el genoma completo y 30 de las cuales fueron secuenciadas según Sanger en la región del pico del gen. La muestra del caso cayó en la cohorte de Sanger y la electroforesis resultante mostró polimorfismos y secuencias ilegibles cercanas a la deleción de 142-144 aminoácidos de la variante omicron BA.1. A continuación, la muestra se analizó mediante secuenciación del genoma completo y mostró 67 mutaciones que definían variantes omicrónicas. De estos, 15 eran de la cepa BA.1 y 20 de la serie BA.2 (Apéndice página 2). El análisis de Nextclade (versión 1.14.0) confirmó la presencia de dos aislamientos distintos (Apéndice página 2).