«Ha evolucionado a lo largo de la evolución para resolver problemas que los organismos han encontrado durante la evolución. Pero hoy nos enfrentamos a nuevos problemas, como Covid. Si pudiéramos diseñar proteínas que fueran tan buenas para resolver nuevos problemas como las que evolucionaron durante la evolución en resolviendo viejos problemas, serían realmente poderosos”, agregó Becker, quien también es coautor de la investigación.
La proteína MPNN ayudará a los investigadores con una estructura de proteína en mente a encontrar las secuencias de aminoácidos que conforman su forma exacta. Lo hace empleando una red neuronal entrenada en una gran cantidad de ejemplos de secuencias de aminoácidos.
Nueva herramienta de IA puede diseñar proteínas.
Sin embargo, para garantizar que los investigadores diseñen proteínas que sean útiles para aplicaciones del mundo real, primero deben determinar qué estructura proteica tendrá la función que buscan activar.
Para lograrlo, utilizan dos métodos llamados «alucinaciones restrictivas», que permiten a los usuarios realizar una búsqueda aleatoria entre todas las secuencias de proteínas posibles, y «alucinaciones», que les permiten explorar el espacio de todas las estructuras de proteínas posibles.
Estos dos procesos permiten a los investigadores eludir Proteínas que solo se encuentran en la naturaleza y crear uno completamente nuevo. «La naturaleza solo ha muestreado… una pequeña fracción. Entonces, si limita su búsqueda a las secuencias que se encuentran en la naturaleza, no llegará a ninguna parte», dijo Becker.
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